Il y a eut deux reines portant ce nom : Ankhesenpaaton Ière, fille d'Amenhotep IV/Akhenaton et Ankhesenpaaton II (dit la petite), fille de Ankhesenpaaton Ière et d'Akhenaton. C'est cette dernière qui épousa son oncle Toutankhaton. Ce dernier était le fils d'Akhenaton et de la concubine Kiya qui vivait dans le palais de Marou-Aton à Tell el-Amarna. Ankhesenpaaton II et Toutankhamon changèrent de nom de baptême sous la poussée du clergé d'Amon devenant respectivement Ankhesenamon et Toutankhamon. A la mort de Toutankhamon (assassiné par Aÿ ou Horemheb), Ankhesenamon demanda au roi hittite Souppilouliouma de lui envoyer un de ses fils afin de l'épouser car elle répugnait à se donner à l'assassin de son époux. Elle n'apparaît pas dans la tombe de Toutankhamon ni dans celle de Aÿ. Fait curieux puisqu'elle épousa ce dernier afin de légitimer son titre. Voilà c'est tout ce que je peux te dire sur cette princesse qui disparu dans des conditions mystérieuses. En tout cas ce qui est sûr et certain c'est que Toutankhamon n'est pas le fils d'Amenhotep III comme certains l'avaient affirmé. Je pense que Toutankhamon a plus les traits de Kiya que ceux de Nefertiti sur ces statues et les bas reliefs. De plus je n'ai pas souvenirs d'avoir vu Toutankhamon figuré parmi les membres directs de la famille royale d'Akhenaton à l'inverse des filles du couple solaire, même Semenkhkarê n'est pas représenté. Le jeune couple royal installa sa capitale politique à Memphis afin d'éviter un éventuel conflit avec les conservateurs du clergé d'Amon. Pour preuve c'est que Horemheb construisit une tombe à Saqqarah tout comme Aÿ et la nourrice de Toutankhamon Maya. 
Dans le palais nord de la cité du soleil vivait un jeune couple, formé d'une des filles de Néfertiti, Ankhesen-pa-Aton, « Elle vit pour Aton », et du prince Tout-ankh-Aton, « Symbole vivant d'Aton ». Ils profitaient du luxe de la cour et ne songeaient guère au Pouvoir. Akhenaton et Néfertiti régnaient ; pourquoi se soucier de l'avenir ? Les événements se précipitèrent. À la mort d'Akhenaton, la jeune Ankhesen-Pa-Aton devint garante de la légitimité du trône, et son mari, encore adolescent, fut appelé à devenir Pharaon. Brusquement, s'acheva le temps de l’insouciance et des plaisirs. L'expérience « atonienne » étant terminée, il fallut quitter la cité du soleil et retourner à Thèbes. En peu de temps, la capitale d'Akhenaton fut abandonnée et devint une ville morte. Signe essentiel de cette mutation : le changement de nom du couple royal. Tout-ankh-Aton devint Tout-ankh-amon, Aman, Ankhes-en-pa-Aton devint Ankhes-en-Amon. Autrement dit, le règne d'Aton était achevé ; le roi et la reine vénéraient de nouveau Amon, le maître de Thèbes. Dès la première année de règne, l'évolution était programmée : une stèle conservée à Berlin montre Tout-ankh-Aton adorant Amon. Ce qu'Akhenaton avait fait magiquement en changeant son nom de règne, Toutankhamon le défait de même ; loin être un « petit roi », il inaugura une nouvelle période de l'histoire égyptienne. Le retour à Thèbes s'effectua paisiblement. Ni guerre civile, ni massacre des partisans d'Aton, ni destruction de cité du soleil qui sera rasée beaucoup plus tard (sous le règne de Ramsès II). Ce fut simplement le passage d'un règne à un autre, le retour à Amon après un détour par Aton, dans un pays qui ne connut ni dogmatisme, ni vérité révélée et imposée par la force. Toutankhamon et sa grande épouse royale n'eurent pas le temps d'être jeunes ; il leur fallut régner et assumer les devoirs de leur charge.